Medan frys - torkningsfrukter och grönsaker har många fördelar när det gäller att upprätthålla struktur, smak och näringsvärde, finns det också några stora nackdelar. Den initiala kostnaden och komplexiteten för den nödvändiga utrustningen är ett av de viktigaste hindren. Frystorkningsmaskiner kräver en betydande initial investering på grund av deras höga kostnader för upphandling och underhåll. Dessutom kan energikraven för denna utrustning öka produktionskostnaderna och negativt påverka den totala lönsamheten för frystorkningsverksamheten.
Den känsliga karaktären av frystorkningsprocessen själv ger en annan svårighet. Frukten och grönsakerna är försiktigt frysta, och vatteninnehållet sublimeras därefter under lågt tryck. För att garantera den färdiga produktens kaliber kräver denna exakta process noggrann reglering av tryck och temperatur. Varje avvikelse från idealiska omständigheter kan leda till förlust av näringsinnehåll, smak eller konsistens. Dessutom kan det ta flera timmar att avsluta förfarandet, vilket kan begränsa produktionsanläggningarnas kapacitet.
En annan viktig fråga i frystorkningsfrukter och grönsaker är att hålla sin strukturella integritet. När vattnet tas bort från vissa produkter kan de bli mer sårbara för skador eller strukturell kollaps. För att säkerställa att produkterna kan överleva frysen - torkningsprocess utan att förlora dess önskade attribut, är rigorösa urval och pre - behandling nödvändig. För att upprätthålla sin färg och struktur vid torkning kan till exempel vissa frukter och grönsaker behöva bli blancherade eller ges en antioxidantbehandling.
Om frystorkningsproceduren inte utförs i en steril atmosfär finns det också risken för mikrobiologisk förorening. Även om risken för mikrobiell tillväxt minskas kraftigt genom att ta bort vatten, kan föroreningar som var närvarande i början av proceduren fortfarande vara farlig. Att skapa säker och överlägsen frys - torkade produkter kräver således upprätthållande av en ren och kontrollerad atmosfär.
